A tradição e história do iaidō remontam cerca de 500 anos. A arte japonesa de desembainhar a espada começou provavelmente com Iizasa Choisai, o fundador do estilo Tenshin shōden Katori shintō-ryū. Essa escola incluía em seu currículo a prática com vários tipos de armas, desde o uso da katana e do bastão jō ao arremesso de faca e de naginata. Uma parte de seu currículo consistia na técnica de desembainhar rápido e golpear imediatamente com o uso de espadas, ou seja, o iai. Essa técnica era usada para autodefesa ou ataque preventivo.

Ao longo da história diferentes expressões foram utilizadas para se referir às técnicas do saque da espada durante o combate. Durante o período Muromachi (1392-1572) era chamado de battōjutsu. No período Edo ficou conhecido como iaijutsu.

É reputado a Hayashizaki Jinsuke Shigenobu (1542-1621), como em toda arte marcial, ter recebido inspiração divina para o desenvolvimento de sua técnica, assim como Iizasa Choisai. Inspiração essa que o levou a desenvolver um conjunto de técnicas que denominou Musō shinden jushin-ryū battōjutsu. Aqui, a palavra battō significa simplesmente desembainhar a espada.

O fator comum relevante em ambas às tradições (escolas) ou ryū, assim como em muitas outras tradições que lidavam com katana, era que suas práticas envolviam somente o uso de katas, sempre preconizando adversários imaginários em seus treinos.